Для лечения базалиом используются различные способы, а именно: хирургический метод, лучевой, лекарственное лечение, лазерный метод, криогенный и комбинация всех этих методов между собой.

Метод лечения подбирают строго индивидуально каждому пациенту, учитывая разновидность опухоли, клиническую форму, локализацию ее, степень вовлечения в процесс подлежащих тканей и анатомических структур, морфологического типа (то есть вида) опухоли, характера и эффекта предшествовавшего лечения, здесь имеется в виду первичная ли это опухоль или рецидив уже леченой опухоли. Также учитывается возраст больного и сопутствующие заболевания, то есть, имеются ли у пациента еще какие-нибудь болезни, которые могут помешать лечению данной опухоли.

Базалиома относится к разряду радиочувствительных опухолей. Поэтому при поверхностных опухолях небольшого размера, располагающихся в труднодоступных для операции местах , прибегают к близкофокусному облучению аппликационным методом. При небольших ограниченных опухолях, располагающихся в безопасных для операции местах (например туловище, конечности) целесообразно хирургическое или электрохирургическое иссечение, с отступом от краев опухоли не менее полу сантиметра. К хирургическому или электрохирургическому лечению прибегают также при радиорезистентных (то есть не поддающихся лучевому лечению) базалиомах и рецидивах, (то есть повторах заболевания) этих опухолей.

При обширных поражениях кожи, глубокопроникающих и папиллярных формах роста, упорном рецидивировании показано комбинированное лечение, а именно: дистанционное или контактное облучение, электроэксцизия (иссечение с применением электрохирургической аппаратуры) в разной последовательности. В этих случаях приходится прибегать к различным способам пластического закрытия раневых дефектов, в том числе с использованием кожно-фасциальных и кожно-мышечных лоскутов на микрососудистых анастомозах.